MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4412028117 · doi:10.1101/2025.07.03.663114

The accessory protein CvnF8 modulates histidine kinase activity in an Actinobacterial G protein system in <i>Streptomyces coelicolor</i>

2025· preprint· en· W4412028117 sur OpenAlexfundno aff
Luis M. Cantu Morin, Kilian Dekoninck, Matthew F. Traxler

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueMicrobial Natural Products and Biosynthesis
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesUniversity of California, San FranciscoMcMaster UniversityNational Institutes of HealthNational Science Foundation
Mots-clésStreptomyces coelicolorHistidineStreptomycesHistidine kinaseProtein kinase ACell biologyChemistryKinaseBiochemistryBiologyMicrobiologyGeneticsBacteriaEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Conservons are operons that encode unusual regulatory systems found in bacteria of the phylum Actinomycetota. These regulatory systems are composed of four core proteins: a sensor histidine kinase-like protein (CvnA homolog), an MglB-type roadblock protein (CvnB homolog), a protein containing a domain of unknown function (CvnC homolog), and a small Ras-like GTPase (CvnD homolog). Based on their conserved small GTPase components and their phylogenetic distribution, we propose that the systems encoded by conservons should be known as a ctinobacterial G p rotein s ystems (AGPSs). The signal transduction path through AGPSs remains poorly understood, and some AGPSs have additional accessory proteins (CvnE and CvnF homologs) of unknown function. In this work, we show that AGPS accessory proteins are present when the cognate histidine kinase protein (CvnA homolog) lacks an extracytoplasmic sensory domain. It was previously shown that the Cvn8 AGPS of Streptomyces coelicolor controls the expression of multiple pathways for specialized metabolism. The Cvn8 AGPS also contains an accessory protein, CvnF8. Through protein modeling, we found that CvnF8 may share an interaction interface with the histidine kinase CvnA8, prompting the hypothesis that CvnF8 may act as a modulator of CvnA8 activity. Consistent with this hypothesis, we found that when co-expressed in a heterologous host, CvnA8 and CvnF8 were purified as a stable complex. In a purified system, CvnF8 strongly stimulated the ATPase activity and autophosphorylation of CvnA8. Taken together, these findings indicate that CvnF family accessory proteins likely serve as sensors and/or modulators of histidine kinases of AGPSs found broadly in Actinomycetota. IMPORTANCE Many lineages of bacteria in the phylum Actinomycetota contain conserved operons (conservons) that encode an unusual type of regulatory system whose function is poorly understood. These lineages include pathogens such as Mycobacterium tuberculosis and members of the genus Streptomyces that produce valuable natural products. These regulatory systems are composed of four proteins, including a sensor histidine kinase and a small Ras-like GTPase. We propose that these regulatory systems be known as actinobacterial G protein systems (AGPSs). We show that some AGPSs include accessory proteins that are only found with partner histidine kinases that lack sensory domains. We demonstrate that one such accessory protein can control the activity of its cognate histidine kinase. Our findings indicate that these CvnF-family accessory proteins likely serve as sensory inputs for AGPSs found broadly in Actinomycetota. This work sheds light on the initial steps of signal transduction within these unusual regulatory systems.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,236
Écart entre enseignants0,221 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)Même sujetMicrobial Natural Products and BiosynthesisTravaux en français237 207