Large scale EV-A71 2A protease mature and precursor expression setup and operation of Single Use Bubble Column Reactors: Litre-Scale Expression of Recombinant Proteins for Structural Biology and Drug Design (SBDD) v1
Notice bibliographique
Résumé
This protocol describes a single-use Bubble Column Reactor (suBCR) system for large-scale recombinant protein production in E. coli, addressing limitations of traditional shake-flask methods for structure-based drug discovery. The system enables parallel 1-liter batch cultivation using disposable bioreactor bags in a heated water bath with controlled aeration. Two enterovirus 2A protease variants were successfully expressed: wild-type Human Coxsackievirus A16 2A protease (Addgene 228632) and an inactive Coxsackievirus A71 2A protease with C110A mutation (Addgene 228633).The C110A mutation preserves the VP1-2A junction while eliminating catalytic activity, providing active and inactive variants for comparative studies that are suitable for crystallography. Cultures are grown at 37°C for 4 hours until exponential phase, then expressed overnight at ambient temperature (25-27°C) using auto-induction Terrific Broth media. The system achieved high yields with culture volumes of 5-22.6 L producing wet cell weights of 163.2-225.6 g. Quality control via nickel-magnetic bead purification and SDS-PAGE confirmed successful overexpression of both constructs. This scalable, cost-effective approach significantly advances protein production methodology for structural biology and drug discovery, offering increased throughput and reduced labor compared to conventional methods while providing sufficient protein quantities for crystallographic studies and antiviral drug development.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».