Expanding the Global Map of Protein Post Translational Modifications with Immunoaffinity Enrichment and nDIA Analysis on the Orbitrap Astral Mass Spectrometer
Notice bibliographique
Résumé
Post-translational modifications (PTMs) contribute greatly to the diversity of the human proteome by affecting protein structure, function, interactions, stability, localization, and more. The study of PTMs is essential to understand various cellular functions, disease mechanisms, and aid in the development of biomarkers and design of therapeutic targets. Owing to their diversity, dynamic nature, and low stoichiometry compared to unmodified proteome counterparts, the analysis of PTMs remains challenging. In this study, immunoaffinity enrichment of PTM peptides was combined with analysis using data dependent acquisition and narrow window Data Independent Acquisition (nDIA) on the Orbitrap Astral Mass Spectrometer (Orbitrap Astral MS) as well as comparative analysis using the Orbitrap Fusion Lumos Mass Spectrometer (Orbitrap Fusion Lumos MS) for ubiquitination, phosphorylation, acetylation, succinylation, and methylation. Human cell lines and mouse tissue samples at various input peptide amounts were immuno-enriched and mass spectrometry data was acquired on both instruments to assess depth of coverage and number of novel sites identified. The study identified a total of 106152 unique ubiquitin sites, 64397 phosphorylation sites (43721 phosphoserine, 8414 phosphothreonine and 12262 phosphotyrosine), 14245 acetylation, 5272 succinylation and 1461 mono-methylation sites. In half the acquisition time, nDIA analysis of immuno-enriched samples on Orbitrap Astral MS provided much greater depth of coverage for all PTMs compared to data dependent acquisition analysis on Orbitrap Fusion Lumos MS, with up to 33-fold more PTM peptides identified and quantified. Overall, the data presented in this study demonstrates the need for enrichment for PTM detection and the utility of combining antibody-based peptide capture and nDIA analysis on the Orbitrap Astral MS as powerful tools for discovery and profiling of protein post-translational modifications in cells and tissues.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».