Genomic epidemiology links azole-resistant <i>Aspergillus fumigatus</i> hospital bioaerosols to chronic respiratory aspergillosis
Notice bibliographique
Résumé
Drug-resistant infections caused by spores of the mould Aspergillus fumigatus pose a major challenge in managing chronic respiratory disease. Evidence shows that a substantial burden of aspergillosis is caused by strains that have evolved resistance to azole antifungal chemicals in the environment, however the contribution of local exposures to the colonisation of patients remains unclear. To investigate routes of acquisition, we whole-genome sequenced A. fumigatus isolates from individuals with chronic pulmonary fungal disease ( n =182, 15 individuals), their homes ( n =101, 10 homes), and hospital environments ( n =102). These data were then integrated with retrospective sequence datasets enabling phylogenetic resolution across 912 genomes of UK A. fumigatus . We found high genetic diversity in clinical isolates, frequent mixed colonisation, and azole resistance in ~25% of infections, particularly in those patients with cystic fibrosis (CF) and chronic pulmonary aspergillosis (CPA). The TR 34 /L98H cyp51A resistance allele, a well characterised marker of environmental adaptation to azole agricultural fungicides, was present in 25% of clinical azole-resistant strains. While azole-resistant A. fumigatus was detected in 6/10 homes, phylogenomic analysis revealed no clear genetic link between the home environment and clinical fungal lung isolates. A. fumigatus was prevalent in hospital environments, with azole-resistant isolates comprising 4.5% ( n =9/202) of air and 3.4% ( n =6/178) of soil isolates, predominantly harbouring the TR 34 /L98H allele. In contrast to homes, phylogenomic and pairwise SNP analysis revealed numerous clinical isolates with >97% genetic identity when compared to those isolated from the hospital environment and randomly chosen pairs of UK isolates. These findings indicate widespread exposure and potential nosocomial acquisition of drug-resistant genotypes of A. fumigatus , supporting the need for targeted environmental surveillance and mitigation of exposures in healthcare settings.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».