The CSF transcriptome in adults with pneumococcal meningitis reveals compartmentalised host inflammatory responses associated with mortality
Notice bibliographique
Résumé
Pneumococcal meningitis (PM) has persistently poor clinical outcomes, especially in sub-Saharan Africa. To better characterise the inflammatory response and identify factors associated with mortality we compared paired peripheral blood and cerebrospinal fluid (CSF) transcriptomes before the initiation of antibiotics in Malawian adults with proven PM. Blood transcriptional profiles were obtained in 28 patients with PM, with simultaneous paired with CSF profiles available for 13 patients. 15/28 (52 %) patients died. Comparison of the transcriptome between CSF and blood compartments showed upregulation of 2293 differentially expressed genes in CSF and 909 in blood; enriched pathways in CSF included inflammasome activity and neutrophil migration/activation, contrasting with enrichment for pathways including platelet and endothelial activation, cell cycle, cytokine release and oxidative stress in the blood transcriptome. Comparison of CSF profiles between survivors and non-survivors revealed 1829 differentially expressed genes. Non-survivor CSF was enriched for multiple innate inflammatory pathways, including IL-17A and Type 1 interferons and proteolysis. In contrast, minimal transcriptomic differences between outcome groups were detected in blood. Inflammation in PM is characterised by compartmentalised responses in blood and CSF. Poorer outcomes are associated with an dysregulated innate immune host response to S. pneumoniae in the CSF compartment.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».