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Enregistrement W4412391450 · doi:10.1186/s40246-025-00784-z

Communicating clearly about data sharing in genomics

2025· review· en· W4412391450 sur OpenAlexaff
Donrich Thaldar, Diya Uberoi, Adrian Thorogood, Richard Milne, Ainsley J. Newson, Alison Hall, David Glazer, Paul Esselaar, Yann Joly

Notice bibliographique

RevueHuman Genomics · 2025
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueEthics in Clinical Research
Établissements canadiensOntario GenomicsTerry Fox Research InstituteMcGill Genome Centre
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésHuman geneticsGenome BiologyGenomicsBiologyComputational biologyData sharingComputational genomicsGeneticsData scienceEvolutionary biologyComputer scienceGenomeMedicineGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In the field of genomics, the secure and responsible sharing of data across institutions and borders is critical for advancing research and improving healthcare. However, challenges such as inconsistent terminology, data localization requirements, and cross-border data transfer regulations impede collaboration and innovation. To address these barriers, the Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH), a global standards-setting organization in genomics, has developed a standardized lexicon of key terms for data sharing, including the nascent terms data visiting and federated data analysis. These definitions aim to improve communication within the genomics community by ensuring a consistent understanding of complex processes, addressing challenges like data localization and cross-border transfer. This article introduces these recently developed data sharing-related terms and considers their implications for data governance and global health research.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,033
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,042
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche, Science ouverte
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Reproductibilité · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,998
Score d'incertitude au seuil0,173

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0330,042
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0030,004
Études des sciences et des technologies0,0010,009
Communication savante0,0060,010
Science ouverte0,0020,005
Intégrité de la recherche0,0060,009
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,846
Tête enseignante GPT0,664
Écart entre enseignants0,183 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
DomaineReproductibilité
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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