Molecular Characterization of Residual Muscle-Invasive Bladder Cancer Identifies a Scar-Like Transcriptomic Profile with Favorable Prognosis after Neoadjuvant Therapy
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: Many patients have residual disease after neoadjuvant therapy, but their prognosis and need for adjuvant therapy are unclear. This study evaluates patient prognosis based on the molecular profiling of residual disease at cystectomy. EXPERIMENTAL DESIGN: RNA sequencing data from TURBT samples were available from N = 84 ABACUS patients, of whom N = 64 had matched radical cystectomy (RC) samples, including 10 patients with pathologic complete response (ypT0N0). Pre- and post-atezolizumab tumor gene expression data were classified into molecular subtypes using the consensus subtyping model as a benchmark. Unsupervised consensus clustering was performed to categorize RC samples de novo, and each cluster was characterized using gene expression signatures. Two RC cohorts (neoadjuvant chemotherapy, N = 133 and University of Texas Southwestern, N = 94) known to harbor a scar-like biologic cluster were used for training and testing of a single-sample transcriptomic classifier that was validated in two independent (PURE-01, N = 26 ad ABACUS, N = 64) RC cohorts after neoadjuvant immunotherapy. RESULTS: Unsupervised consensus clustering revealed four distinct post-atezolizumab clusters (scar-like, basal, luminal-stromal, and luminal). The scar-like cluster was present in 25% (16/64) of the post-atezolizumab samples and expressed genes associated with wound healing/scarring. A transcriptomic classifier trained to identify a favorable scar-like transcriptomic profile in residual bladder tumors showed robust performance in two validation cohorts, indicating a patient subgroup with favorable prognosis among neoadjuvant chemotherapy-treated, pembrolizumab-treated, and atezolizumab-treated patients with residual bladder cancer. CONCLUSIONS: This study contributes to the framework for defining molecular subtypes at RC. Residual bladder cancer with a scar-like transcriptomic profile may predict favorable patient prognosis after neoadjuvant chemotherapy and immunotherapy, identifying potential candidates for treatment deintensification.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».