Transcriptome-Proteome Profiling in <i>Burkholderia thailandensis</i> during the Transition from Exponential to Stationary Phase
Notice bibliographique
Résumé
species. Like other bacterial cells, it commonly exists in the stationary phase, for instance, within a host cell. Understanding the molecular mechanisms that characterize the transition from exponential to stationary phases is therefore critical to understanding responses to stress or nutrient limitation. We present here an integrated transcriptomic and proteomic analysis of mRNA and protein abundance changes during entry into the stationary phase. We identified 928 differentially accumulating mRNAs and 832 differentially accumulating proteins. mRNAs encoding proteins involved in benzoate degradation and O-antigen nucleotide sugar biosynthesis were elevated in the stationary phase, whereas processes such as translation and flagellar biosynthesis were downregulated. Proteins related to fatty acid degradation and butanoate metabolism accumulated in the stationary phase along with proteins involved in the synthesis of secondary metabolites. Markedly downregulated proteins in the stationary phase included ribosomal proteins as well as the house-keeping iron-sulfur biogenesis proteins. An only modest correlation between transcriptome and proteome changes was seen, and the RpoS sigma factor was not significantly increased during the stationary phase; RpoS is typically abundant during the stationary phase and critical for expression of stress-response genes. Our data point to distinct adaptive mechanisms, possibly including post-translational regulation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».