Exploring Cloned Disease Resistance Gene Homologues and Resistance Gene Analogues in Brassica nigra, Sinapis arvensis, and Sinapis alba: Identification, Characterisation, Distribution, and Evolution
Notice bibliographique
Résumé
This study identifies and classifies resistance gene analogues (RGAs) in the genomes of Brassica nigra, Sinapis arvensis and Sinapis alba using the RGAugury pipeline. RGAs were categorised into four main classes: receptor-like kinases (RLKs), receptor-like proteins (RLPs), nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) proteins and transmembrane-coiled-coil (TM-CC) genes. A total of 4499 candidate RGAs were detected, with species-specific proportions. RLKs were the most abundant across all genomes, followed by TM-CCs and RLPs. The sub-classification of RLKs and RLPs identified LRR-RLKs, LRR-RLPs, LysM-RLKs, and LysM-RLPs. Atypical NLRs were more frequent than typical ones in all species. Atypical NLRs were more frequent than typical ones in all species. We explored the relationship between chromosome size and RGA count using regression analysis. In B. nigra and S. arvensis, larger chromosomes generally harboured more RGAs, while S. alba displayed the opposite trend. Exceptions were observed in all species, where some larger chromosomes contained fewer RGAs in B. nigra and S. arvensis, or more RGAs in S. alba. The distribution and density of RGAs across chromosomes were examined. RGA distribution was skewed towards chromosomal ends, with patterns differing across RGA types. Sequence hierarchical pairwise similarity analysis revealed distinct gene clusters, suggesting evolutionary relationships. The study also identified homologous genes among RGAs and non-RGAs in each species, providing insights into disease resistance mechanisms. Finally, RLKs and RLPs were co-localised with reported disease resistance loci in Brassica, indicating significant associations. Phylogenetic analysis of cloned RGAs and QTL-mapped RLKs and RLPs identified distinct clusters, enhancing our understanding of their evolutionary trajectories. These findings provide a comprehensive view of RGA diversity and genomics in these Brassicaceae species, providing valuable insights for future research in plant disease resistance and crop improvement.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».