Genetic findings of children with congenital heart diseases using chromosomal microarray and trio-based whole exome sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Congenital heart disease (CHD) is the most common type of birth defects in humans. Genetic factors have been identified as an important contributor to the etiology of CHD. However, the underlying genetic causes in most individuals remain unclear. Here, 101 individuals with CHD and their unaffected parents were included in this study. Chromosomal microarray analysis (CMA) as a first-tier clinical diagnostic tool was applied for all affected individuals, followed by trio-based whole exome sequencing (WES) of 76 probands and proband-only WES of 3 probands. We detected aneuploidies in 2 individuals (trisomy 21 and monosomy X), 21 pathogenic and likely pathogenic copy number variants (CNVs) in 19 individuals, and pathogenic and likely pathogenic SNVs/InDels in 8 individuals. The combined genetic diagnostic yield was 28.7%, including 20.8% with chromosomal abnormalities and 7.9% with sequence-level variants. Eighteen CNVs in 17 individuals were associated with 13 recurrent chromosomal microdeletion/microduplication syndromes, the most common being 22q11.2 deletion syndrome. Pathogenic/likely pathogenic sequence-level variants were identified in 8 genes, including GATA6 , FLNA , KANSL1 , TRAF7, KAT6A , PKD1L1 , RIT1 , and SMAD6 . Trio sequencing facilitated the identification of pathogenic variation (55.6% were de novo missense variants). In individuals with extracardiac features, the overall detection rate was significantly higher (61.5%) than in individuals with isolated CHD (17.3%) ( P = 4.6 × 10 − 3 ). Our study further emphasized the importance of combining CMA and trio-WES for clinical genetic testing of individuals with CHD. Trio-based WES should be part of the diagnostic algorithm.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».