Clinical Utility of Targeted Next-Generation Sequencing for Determining Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 Status and Optimizing Targeted Therapy in Breast Cancer
Notice bibliographique
Résumé
Background: The development of targeted next-generation sequencing (NGS) technologies has contributed to precision medicine, as evidenced by the growing interest in evaluating human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) expression status to treat unresectable/metastatic HER2-low breast cancer (BC). However, the concordance between erb-b2 receptor tyrosine kinase 2 (ERBB2) copy number alteration (CNA) and HER2 immunohistochemistry (IHC) has never been determined. The aim of this study was to evaluate the utility of targeted NGS for determining HER2 status and optimizing targeted therapies for BC. Methods: ERBB2 CNAs were examined by targeted NGS in 41 formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) BC tissues. ERBB2 CNA was compared with HER2 status evaluated by IHC in tissue sections, which were identical to those subjected to targeted NGS, using the Ventana 4B5 antibody. Results: The median fold changes (FCs) for ERBB2 CNAs in tumors with an IHC score of 3+, 2+, 1+, and 0 were 4.81, 1.49, 1.00, and 1.00, respectively. The difference in the FC for ERBB2 CNA according to HER2 status was statistically significant (P < 0.001). An FC greater than 1.0 for ERBB2 CNA was established as the cutoff value to differentiate between tumors with an IHC score of 3+, 2+, or 1+ and tumors with an IHC score of 0, on the basis of receiver operating characteristic curve analysis. The overall percent agreement, positive percent agreement, negative percent agreement, and Cohen’s kappa between ERBB2 CNA and HER2 status were 68.3%, 57.7%, 86.7%, and 0.39, respectively. The numbers of patients with mutations in ERBB2, estrogen receptor 1 (ESR1), phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha (PIK3CA), serine/threonine kinase 1 (AKT1), and phosphatase and tensin homolog (PTEN) were 7, 3, 6, 1, and 5, respectively. Targeted NGS detected additional gene mutations and presented treatment options for seven of 22 patients (31.8%) with an FC of ERBB2 CNA = 1.00. Conclusions: Targeted NGS has the potential in distinguishing HER2 IHC 3+, 2+, and 1+ tumors from IHC 0 in patients with BC; however, differentiating between HER2 IHC 1+ and 0 remains challenging. Additionally, targeted NGS may aid in the identification of actionable mutations, thereby contributing to the selection of optimal treatment strategies in BC management.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».