Solution Structure Determination and Biophysical Studies of 7SK RNP and 7SL SRP RNAs
Notice bibliographique
Résumé
Small noncoding RNAs perform integral roles in eukaryotic lifecycles, particularly the 7SK snRNA, which is responsible for RNA Polymerase II transcription modulation and progression when interacting with P-TEFb, and the 7SL RNA involved in Signal Recognition Particle mediation of co-translational activities of endoplasmic reticulum-bound proteins. These RNAs retain important secondary structures that interact with proteins involved in regulating transcription and translation. RNA-protein interactions involving the RNA stem-loops have been previously characterised using chemical probing techniques, Cryo-Electron Microscopy, and Nuclear Magnetic Resonance. However, complete three-dimensional structures of the full-length 7SK and 7SL have not been resolved, limiting our understanding of these RNAs’ tertiary landscapes and mechanisms. Our study bridges this gap in knowledge by using Small-Angle X-ray Scattering and coarse-grained computational modelling of previously determined secondary structures through SimRNA to produce full-sequence, three-dimensional atomistic models of both 7SK and 7SL RNAs. We employed size exclusion chromatography coupled with light scattering and Circular Dichroism Spectroscopy to verify RNA size and compare previously identified secondary structures in solution. We additionally employed all-atom, structure-based potential simulations to generate optimised models within our calculated SAXS envelopes. 7SK’s total morphology is thus presented as a highly versatile structure whose well-defined stem-loops interact with each other in three-dimensional space. 7SL RNA is presented as a tightly wound and somewhat rigid structure, with significant base-pairing features in its Alu domain, whereupon it forms likely scaffolds for signal recognition peptide formation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».