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Enregistrement W4412804466 · doi:10.1101/2025.07.30.667769

Modulation of the 14-3-3σ/C-RAF “auto”inhibited complex by molecular glues

2025· preprint· en· W4412804466 sur OpenAlexaff
Markella Konstantinidou, Holly R. Vickery, Marloes Pennings, Johanna M. Virta, Emira J. Visser, Sean D. Bannier, Sabine Z. Cismoski, Lindsey A. Young, Maxime C. M. van den Oetelaar, Christian Ottmann, Luc Brunsveld, Michelle R. Arkin

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
Thématique14-3-3 protein interactions
Établissements canadiensDiscovery Centre
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesDeutsches Elektronen-SynchrotronEuropean Synchrotron Radiation FacilityNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekNational Institutes of HealthOno Pharma FoundationDiamond Light Source
Mots-clésModulation (music)ChemistryNanotechnologyMaterials sciencePhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Molecular glues, compounds that bind cooperatively at protein-protein interfaces are revolutionizing chemical biology and drug discovery, allowing the modulation of traditional "undruggable" targets. Here, we focus on the native protein-protein interaction (PPI) of C-RAF, a key component of the MAPK signaling pathway, with the scaffolding protein 14-3-3. Although extensive drug discovery efforts have focused on the MAPK pathway, its central role in oncology and developmental disorders (RASopathies), still requires alternative approaches, moving beyond direct kinase inhibition. Indeed, stabilization of native PPIs is a relatively unexplored territory in this pathway. The function of C-RAF is regulated on multiple levels including dimerization, phosphorylation and complex formation with the hub protein 14-3-3. 14-3-3 prevents C-RAF activation by molecular recognition and binding at the phospho-serine 259. We used a fragment-merging approach to design a molecular glue scaffold that would bind to the composite surface of the 14-3-3/C-RAF "auto"inhibited complex. The synthesized molecular glues stabilized the 14-3-3/C-RAF complex up to 300-fold in biophysical assays; their glue-based mechanism of action was confirmed with several crystal structures of ternary complexes. Selectivity among the other RAF isoforms and other RAF phosphorylation sites was evaluated with biophysical assays. The best compounds showed excellent selectivity among a broad panel of 80 14-3-3 clients. Validation in cell assays showed on-target engagement, enhanced phosphorylation levels of the C-RAF pS259 site, reduced RAF dimerization and reduced ERK phosphorylation. Overall, this approach enables chemical biology studies on a C-RAF site that is intrinsically disordered prior to 14-3-3 binding and has not been targeted previously. These molecular glues will be useful as chemical probes and starting points for further drug discovery efforts to elucidate the effect of native PPI stabilization in the MAPK pathway with applications in oncology and RASopathies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,030
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,233
Écart entre enseignants0,223 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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