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Enregistrement W4412853873 · doi:10.1101/2025.07.30.663632

Community Challenge towards Consensus on Characterization of Biological Tissue: C <sup>4</sup> Bio’s First Findings

2025· preprint· en· W4412853873 sur OpenAlexaff
Nele Famaey, Heleen Fehervary, Yoann Lafon, Ali Akyildiz, Silke Dreesen, Karine Bruyère-Garnier, Jean‐Marc Allain, Marta Alloisio, Alejandro Aparici-Gil, Chiara Catalano, Fanette Chassagne, Snehal Chokhandre, Kimberly Crevits, Hanneke Crielaard, Eoghan M. Cunnane, Connor V. Cunnane, Karen De Leener, Amisha Desai, Rob Driessen, Mona Eskandari, Sam Weiss Evans, Christian Gasser, Marc Gebhardt, Birgit Glasmacher, Gerhard A. Holzapfel, Mikel Isasi, Louise M. Jennings, Sascha Kurz, Sara Leal‐Marin, Pauline Lecomte‐Grosbras, Annie Morch, John J. Mulvihill, Fulufhelo Ṋemavhola, Thanyani Pandelani, Salvatore Pasta, Estefanía Peña, Baptiste Pierrat, Heidi‐Lynn Ploeg, Stanislav Polzer, Manuel K. Rausch, David Schwarz, Hazel R. C. Screen, Selda Sherifova, Gerhard Sommer, Shengzhang Wang, D. Walsh, Thierry Marchal, Liesbet Geris

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineEngineering
ThématiqueElasticity and Material Modeling
Établissements canadiensQueen's University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCharacterization (materials science)BIOSComputational biologyComputer sciencePolitical scienceBiologyNanotechnologyMaterials scienceOperating system

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract This study investigates methodological variability across various expert laboratories worldwide, with regards to characterizing the mechanical properties of biological tissues. Two testing rounds were conducted on the specific use case of uniaxial tensile testing of porcine aorta. In the first round, 24 labs were invited to apply their established methods to assess inter-laboratory variability. This revealed significant methodological diversity and associated variability in the stress-stretch results, underscoring the necessity for a standardized approach. In the second round, a consensus protocol was collaboratively developed and adopted by 19 labs in an attempt to minimize variability. This involved standardized sample preparation and uniformity in testing protocol, including the use of a common cutting and thickness measurement tool. Despite protocol harmonization, significant variability persisted across labs, which could not be solely attributed to inherent biological differences in tissue samples. These results illustrate the challenges in unifying testing methods across different research settings, underlining the necessity for further refinement of testing practices. Enhancing consistency in biomechanical experiments is pivotal when comparing results across studies, as well as when using the resulting material properties for in silico simulations in medical research.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,478
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,457
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,478
Score d'incertitude au seuil0,643

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,4780,457
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,002
Bibliométrie0,0060,004
Études des sciences et des technologies0,0080,019
Communication savante0,0220,011
Science ouverte0,0120,024
Intégrité de la recherche0,0140,019
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0060,003

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,225
Écart entre enseignants0,196 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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