Bmal1 expression is minimal or absent in human and mouse cerebral microglia
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Microglia orchestrate immunological responses in the brain and play an important role in maintaining homeostatic brain functions. Several studies have reported clock gene expression in microglia and the circadian rhythm they drive has been linked to the modulation of immune responses and neuronal functions. In the current study, complementary approaches, including immunofluorescence, multiplexed fluorescence in situ hybridization, and liquid chromatography-mass spectrometry proteomics of isolated CD11b + microglia, were combined with publicly available transcriptomic and epigenomic datasets to investigate the expression of the core clock gene BMAL1 in human post-mortem cortical and limbic areas as well as mouse brain. The majority of BMAL1 -expressing cells were found to be neurons, with microglia representing a negligeable proportion. We also identified significantly lower chromatin accessibility or “openness” for BMAL1 gene regulatory regions (such as promoters and enhancers) in microglia compared to neurons. These regulatory regions in microglia were enriched for ETS domain transcription factor (TF) binding sites. Together, this suggests a strong role of chromatin remodeling factors in suppressing BMAL1 gene expression in microglia. Finally, while we observed a very low expression, BMAL1 TF motifs were accessible in open chromatin landscape of microglia, which may lead to downstream gene-regulatory effects upon binding, even if BMAL1 expression is constitutively low. Overall, our results reveal low or absent expression of BMAL1 in microglia and point towards potential epigenetic mechanisms regulating its expression in these cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».