Plasmid genomic epidemiology of bla NDM carbapenemase-producing Enterobacterales in Canada from 2010 to 2023
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Carbapenems are broad-spectrum antibiotics that are losing effectiveness against infections caused by multidrug-resistant Enterobacterales that have acquired carbapenemase genes. The New Delhi metallo- β -lactamase ( bla NDM ) is one of the most common carbapenemases in Canada and around the globe. These genes are frequently found on conjugative plasmids, which can disseminate through horizontal gene transfer. We applied whole-genome sequencing to characterize 1,032 bla NDM carbapenemase-producing Enterobacterales isolates collected by the Canadian Nosocomial Infection Surveillance Program from 2010 to 2023. Using a combination of short-read and long-read sequencing, we obtained 226 complete and circular bla NDM -encoding plasmids. Unlike other carbapenemases in Canada, we found that bla NDM plasmids were very diverse; there was a lack of dominant clusters identified using MOB-suite, and clustering methods were not able to accurately predict plasmid clusters for short-read-only data. The majority of bla NDM plasmids were IncF-type (69.0%, 156/226). Both bla NDM and bla OXA-48-type carbapenemase genes were found in 11.4% (118/1,032) of isolates, and we identified several instances of both carbapenemase genes co-harboured on the same plasmid replicon ( n =9). Our findings highlight that plasmid transfer has not played a major role in bla NDM transmission across Canada and that long-read sequencing is essential for resolving bla NDM plasmid structure and cluster membership.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle