Plasmid genomic epidemiology of bla NDM carbapenemase-producing Enterobacterales in Canada from 2010 to 2023
Notice bibliographique
Résumé
Carbapenems are broad-spectrum antibiotics that are losing effectiveness against infections caused by multidrug-resistant Enterobacterales that have acquired carbapenemase genes. The New Delhi metallo- β -lactamase ( bla NDM ) is one of the most common carbapenemases in Canada and around the globe. These genes are frequently found on conjugative plasmids, which can disseminate through horizontal gene transfer. We applied whole-genome sequencing to characterize 1,032 bla NDM carbapenemase-producing Enterobacterales isolates collected by the Canadian Nosocomial Infection Surveillance Program from 2010 to 2023. Using a combination of short-read and long-read sequencing, we obtained 226 complete and circular bla NDM -encoding plasmids. Unlike other carbapenemases in Canada, we found that bla NDM plasmids were very diverse; there was a lack of dominant clusters identified using MOB-suite, and clustering methods were not able to accurately predict plasmid clusters for short-read-only data. The majority of bla NDM plasmids were IncF-type (69.0%, 156/226). Both bla NDM and bla OXA-48-type carbapenemase genes were found in 11.4% (118/1,032) of isolates, and we identified several instances of both carbapenemase genes co-harboured on the same plasmid replicon ( n =9). Our findings highlight that plasmid transfer has not played a major role in bla NDM transmission across Canada and that long-read sequencing is essential for resolving bla NDM plasmid structure and cluster membership.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».