Notice bibliographique
Résumé
The tree of life is one of the most important organizing principles in biology. Updates and revisions are historically derived from improved data capture, increasingly refined models of evolution and expanded taxon sampling. Tracing the changes in the tree of life over the molecular era (1990-present) highlights the evolution of biologists' understanding of life on earth and serves as a foil placing the explosion of available data over this timeframe in context. Using current-day information, we explored the taxonomic growth captured in a tree of life through historic tree reconstruction. Data capture is now facilitating improvements in genome quality rather than expanding deep diversity, as the rate of novel phylum discovery is slowing for bacteria and archaea. Using dissimilarity metrics, the proportion of changes that each historic tree encompasses identified a diminishing influence of additional taxa on high-level topological revisions. No trees recapitulated current hypotheses for deep relationships on the tree of life, reflective of disadvantages associated with high taxon sampling and the divide-and-conquer methodologies required to analyse extremely large datasets. This work clarifies the effect of the interaction between data quality, data quantity and taxonomic diversity on our ability to construct a stable tree of life.This article is part of the discussion meeting issue 'Chance and purpose in the evolution of biospheres'.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,028 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,006 |
| Communication savante | 0,006 | 0,008 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».