Insights on the sex determination, vector capacity and ecological biology from a chromosomal level genome of vector mosquito, Armigeres subulbatus
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Mosquitoes with aggressive biting behavior are important disease vectors threatening public health. Armigeres subalbatus, as an emerging arbovirus and filarial disease vector, exhibits aggressive host-seeking behavior and unique breeding preference for contaminated water. However, the molecular mechanisms underlying these biological characteristics remain poorly understood. This study aimed to generate a high-quality genome assembly and characterize the genetic basis of vector competence and environmental adaptation in Ar. subalbatus. METHODS: We sequenced and assembled the Ar. subalbatus genome using Oxford Nanopore long-read sequencing, Illumina short-read sequencing, and Hi-C technology. Comparative genomic analysis was performed to identify gene families related to detoxification, diapause, innate immunity, and sex determination. Gene structure analysis focused on the male-determining factor and its evolutionary relationships with other mosquito vectors. RESULTS: The genome assembly consists of three chromosomes, with a total size of 1.33 Gbp and an N50 of 430.15 Mbp (GenBank assembly: GCA_024139115.2), displaying 99.4% Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) completeness. We identified the gene structure of the male-determining factor (AsuMf) and characterized its evolutionary relationship with other mosquito vectors. The analysis revealed expanded detoxification-related gene families including cytochrome P450s, which may facilitate adaptation to contaminated breeding sites. We characterized 566 putative diapause-related genes that could potentially contribute to geographical expansion, 334 innate immune genes, and 1673 endogenous viral elements, indicating complex virus-host interactions throughout evolution. CONCLUSIONS: Our study provides insights into the molecular basis of vector competence and adaptation in Ar. subalbatus. The expanded detoxification gene families may enable the species to survive in polluted environments, while the identified diapause-related genes could explain its geographical expansion capabilities. These findings establish a foundation for developing novel vector control strategies targeting this emerging disease vector.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».