Defining the interactome of the pancreas‐specific <scp>SPCA2</scp> isoform ( <scp>SPCA2C</scp> ) identifies unique links to store‐operated Ca <sup>2+</sup> entry
Notice bibliographique
Résumé
Calcium (Ca 2+ ) is critical for normal cell function, and several protein networks are required for Ca 2+ signaling. In the pancreas, regulated changes in cytosolic Ca 2+ allow for the exocytosis of zymogen granules, and altered Ca 2+ signaling underlies pancreatic pathologies. Previously, our laboratory showed a pancreas‐specific isoform of secretory pathway Ca 2+ ‐ATPase 2 (also known as calcium‐transporting ATPase type 2C member 2; SPCA2), termed SPCA2C (gene name Atp2c2c , C‐terminally truncated form), affects multiple pathways involved in Ca 2+ homeostasis. The goal of this study was to define the SPCA2C interactome that contributes to these processes. Using proximity‐dependent biotin identification, BioID, we expressed SPCA2C‐BirA* HA in HEK293 cells with constitutive calcium release‐activated calcium channel protein 1 ( Orai1 ) expression. A total of 150 high‐confidence interacting proteins for SPCA2C were identified. Gene Ontology and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) Pathway analyses supported the localization of SPCA2C to the endoplasmic reticulum, and that it functions in Ca 2+ signaling and vesicular transport. Stromal interaction molecule 1 (STIM1) and coiled‐coil domain‐containing protein 47 (CCDC47; also known as PAT complex subunit CCDC47) were among several proteins we confirmed as strong interactors through co‐immunoprecipitation (co‐IP). Co‐expression of Atp2c2c and CCDC47 in HEK‐Orai1 YFP cells increased store‐operated calcium entry (SOCE) and resting cytosolic Ca 2+ levels compared with the expression of either protein alone. We further teased out the domain determinants of CCDC47 interactions with SPCA2C, STIM1, and Orai1 using co‐IP and co‐localization experiments. CCDC47 localized with SPCA2C and the key store‐operated Ca 2+ entry mediators STIM1 and Orai1 but did not interact with the long SPCA2 isoform. These interactions were dependent on the presence of the CCDC47 coiled‐coil or accessible transmembrane domains. Overall, we define several previously unknown protein interactions for SPCA2C, and suggest that CCDC47 may be involved in the coiled‐coil interplay that underlies STIM1 and Orai1‐mediated Ca 2+ entry.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».