Evidence for ancient selective sweeps followed by differentiation among three species of <i>Sphyrapicus</i> sapsuckers
Notice bibliographique
Résumé
Genomic differentiation usually accompanies speciation, but that differentiation is often highly heterogeneous across the genome. Understanding what parts of the genome are more prone to differentiation can inform us about genomic regions and evolutionary processes that may be central to the speciation process. Here, we study genomic variation among 3 hybridizing species of North American woodpecker: red-breasted, red-naped, and yellow-bellied sapsuckers (Sphyrapicus ruber, S. nuchalis, and S. varius). We use whole genome resequencing to measure genetic variation among these species and to quantify how the level of differentiation varies across the genome. We find that regions of high relative differentiation between species (FST) tend to have low absolute nucleotide distance between species (πB), indicating that regions of high relative differentiation often have more recent between-population coalescence times than regions of low relative differentiation do. Most of the high-FST genomic windows are found on the Z chromosome, pointing to this sex chromosome as being particularly important in sapsucker differentiation and potentially speciation. These results are consistent with a model of speciation in which selective sweeps of globally advantageous variants spread among partly differentiated populations, followed by differential local adaptation of those same genomic regions. We propose that sapsucker speciation may have occurred primarily via this process occurring on the Z chromosomes, resulting in genetic incompatibilities involving divergent Z chromosomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».