Global Emergence of Antifungal‐Resistant Dermatophytosis Caused by <i>Trichophyton indotineae</i> (Formerly <i>T. mentagrophytes</i><scp>ITS</scp> Genotype <scp>VIII</scp>): A Genomic Investigation Involving 14 Countries
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND AND OBJECTIVE: Trichophyton indotineae is a globally emerging, frequently antifungal-resistant fungus causing severe dermatophytosis. To inform prevention efforts, we analysed the genomic epidemiology and resistance to terbinafine (first-line oral antifungal) from a collection of multinational T. indotineae isolates collected from patients with clinically suspected dermatophytosis during 2016-2023. METHODS: We performed whole genome sequencing and phylogenetic tree analysis based on single-nucleotide polymorphisms (SNPs). T. indotineae phylogenetic results were correlated with patient demographic characteristics and isolate terbinafine susceptibility profiles that were determined by antifungal susceptibility testing and squalene epoxidase gene sequencing. Trichophyton mentagrophytes and Trichophyton interdigitale isolates from the USA, and Trichophyton rubrum isolates from three countries were added for contextual analysis. RESULTS: Among 347 T. indotineae isolates, 227 (65%) were in vitro resistant to terbinafine. Countries represented were India (43%); Germany (21%); Bangladesh (8%); United States (8%); United Arab Emirates (7%); Iraq (5%); Finland (3%); Poland (2%); Austria, Canada, Cambodia, Estonia, Singapore, and Switzerland (each < 1%). Median SNP difference between isolates was 106 SNPs (range: 0-392). Clustering by age, sex, or country was not observed. One subcluster was composed of terbinafine-resistant isolates with a specific squalene epoxidase gene mutation (F397L) and was widely dispersed among 10 countries. Intra-species genomic diversity was greater among 19 T. rubrum isolates (260 SNPs [range: 73-1038]), or among 10 T. mentagrophytes/T. interdigitale isolates from the USA compared with the intra-species diversity of the T. indotineae isolates. CONCLUSIONS: Our findings corroborate T. indotineae's recent emergence and ongoing international transmission and suggest the rapid spread of a subset of terbinafine-resistant isolates. Continued efforts are necessary to mitigate this pathogen's spread.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».