Comparison of Bacterial Endophytes in Barley Grains Infected and Non‐Infected With Fusarium Head Blight Using Metabarcoding
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Endophytes are organisms that maintain an intimate relationship with the plant host as they are adapted to the niche of internal plant tissues and are mutually beneficial in these interactions. Plant diseases can potentially alter the endophytic community structure, negatively affecting plant development and defence mechanisms. Fusarium head blight (FHB) is a complex and devastating barley disease that could induce such changes. Investigating the structure of the bacterial endophytic community of barley grains with FHB may provide valuable information about the disease development, the resistance of the plant to FHB and the impact of endophytes on pathogen(s) development. We sequenced amplicons of the 16S rRNA gene from barley grains and compared the endophytic bacterial profiles under Fusarium graminearum‐ infected and disease‐free conditions. In addition, we tested microbiome responses to barley genotype (moderately resistant, intermediate or susceptible toward FHB), plant growth stage (mid‐dough stage vs. physiological maturity stage) and year (years 2021 vs. 2022). This study demonstrated significant changes in the overall bacterial endophytic microbiome with FHB and the plant growth stage. Xanthomonas spp. were predominantly detected in the barley grain endosphere. In addition, bacterial amplicon sequence variants (ASVs) significantly associated with FHB‐infected samples (ASV0016; Kosakonia cowanii ), physiological maturity stage (ASV0001; Xanthomonas sp.) and genotypes moderately resistant to FHB (ASV0292; Weeksellaceae chryseobacterium ) were identified. An accumulation of bacterial ASVs was observed over the years. The study's findings may be used to predict conditions that could either induce or control FHB in the host through bacterial microbiome interaction.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».