Pervasive Chromosomal Instability Drives the Karyotypic Evolution of Hypodiploid Tumours
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Tumours frequently exhibit extreme levels of aneuploidy. While increases in ploidy are well-characterised, the opposite phenomenon-extensive chromosome loss leading to hypodiploidy-remains underexplored. METHODS: Here, we analyse over 17,000 cancer genomes from 34 cancer types and perform a pan-cancer analysis of karyotypic evolution in hypodiploid tumours. We develop methods to identify current and former hypodiploid tumours, analyse predictors of chromosome loss patterns across tissues, and characterise the relationship between hypodiploidy and other forms of chromosomal instability. RESULTS: We find that hypodiploidy is widespread and associated with a generalised chromosomal instability phenotype, marked by significantly elevated rates of genome doubling, intrachromosomal copy number alterations, chromoanagenesis, and intra-tumour heterogeneity. These tumours are hypoxic and strongly enriched for TP53 mutations. However, we also identify a subset of cancers-acute lymphoblastic leukaemia (ALL), kidney chromophobe, and adrenocortical carcinoma-that exhibit stable hypodiploidy, with stereotyped chromosome loss patterns, low chromosomal instability, and distinct evolutionary origins. We exploit this stability to develop a simple method of distinguishing poor-prognosis masked hypodiploid from good-prognosis hyperdiploid ALL using only cytogenetic data, enabling more precise risk stratification. Finally, we show that unstable hypodiploidy predicts poor prognosis across cancers. Genome doubling does not confer a fitness advantage in hypodiploid tumours, nor do these tumours evolve to avoid loss of dosage-sensitive genes. CONCLUSIONS: Together, these findings provide the first pan-cancer characterization of hypodiploidy as a widespread and clinically relevant phenomenon often driven by pervasive chromosomal instability, and illustrate the remarkable ability of cancer cells to tolerate and evolve under extreme dosage imbalance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».