Winner’s curse in rare variant analysis: effect size estimation bias depends on effect direction and the association method used
Notice bibliographique
Résumé
For complex human traits, a large portion of genetic heritability remains unaccounted for beyond common genetic variants; therefore, estimating the contribution of rare variants (RVs) to the etiology of complex traits is of interest. Research in this domain has primarily focused on gene-based RV testing methods, in which information from multiple variants is combined to maximize statistical power in detecting genes associated with the trait of interest. However, after discovering an association, estimating individual effects becomes challenging due to sample size limitations. Hence, the focus may shift to estimating the average genetic effect (AGE) for the group of RVs analyzed. This study demonstrates that both AGEs and individual variant effects can be influenced by competing upward and downward biases, resulting from the winner’s curse and the heterogeneity of individual variant effects, respectively. Various bias-correction techniques, including bootstrap resampling and likelihood-based methods, have been proposed to address the winner’s curse bias. We conduct a simulation study to illustrate the ramifications of these competing biases on variant effect size estimation and how they complicate the precision of pooled estimates obtained from different bias-correction techniques. We then examine the individual effect estimates of the causal variants across the simulation replicates to show how they may contribute to the observed upward and downward biases when RVs are pooled.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,162 | 0,462 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,006 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».