Unveiling molecular mechanisms and candidate genes for goss’s bacterial wilt and leaf blight resistance in corn through RNA-Seq analysis
Notice bibliographique
Résumé
Goss’s bacterial wilt and leaf blight (GWLB) induced by Clavibacter nebraskensis poses a significant threat to corn production in Canada and the US. We conducted RNA-Seq analyses on two corn hybrid lines with contrasting levels of susceptibility to GWLB, 447 (susceptible) and 450 (resistant), to elucidate the molecular mechanisms underlying corn resistance to the disease. The two selected corn lines were subjected to inoculation with two isolates of C. nebraskensis exhibiting distinct levels of aggressiveness: DOAB232 (DOAB), a weakly aggressive isolate and Cn14-5-1 (BACT), a highly aggressive one, or were left untreated (CTL) Total RNA was isolated from leaf tissue in three biological replicates for each hybrid x treatment combination five days post-inoculation (dpi), a timepoint selected to capture the early transcriptional response to pathogen infection. RNA-sequencing was performed following poly-A tail isolation of the RNA on all 18 samples (6 combinations * 3 replicates). Following data cleaning and filtering of the raw RNA-seq data, unsupervised clustering, differential expression and pathway analysis was conducted. Our analysis revealed extensive transcriptional reprogramming in both resistant and susceptible lines, particularly in the susceptible corn line (447) when inoculated with the either the weak or aggressive strain of C. nebraskensis, but also in the resistant corn line when inoculated with the aggressive bacterial isolate. Inoculation of the resistant corn line (450) to the aggressive C. nebraskensis isolate, led to increased expression of photosynthesis-related and defense-associated genes, and downregulation of secondary metabolism and stress responses pathways, while inoculation of the susceptible corn line (447) with the weakly aggressive C. nebraskensis isolate led to upregulation of defense-associated genes. The functions of some of the top differentially expressed genes in each comparison are discussed within the context of understanding the molecular underpinnings of corn resistance to GWLB disease to identify targets for genetic enhancement towards higher disease resistance levels.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».