DNA methylation of food sensitization in a French-Canadian population
Notice bibliographique
Résumé
Food allergy (FA) is a great public health concern with an increased prevalence in the last decades. The underlying development mechanisms of FA and food sensitization (FS), which represents the first stage of development of FA, are influenced by environmental, epigenetic, and genetic factors. DNA methylation is an important epigenetic mediator of gene–environment interactions and key to understanding these mechanisms. Studies have linked whole-genome DNA methylation profile to FA and FS, but they all use methylation arrays. Methylation sequencing captures target regions of methylome with an extensive coverage. Thus, our objective was to identify CpG sites in genome-wide immune regulatory regions associated with FS and test their association with genetic variants using methylation quantitative trait loci (mQTL) analysis in French-Canadian individuals. In 114 individuals from the Saguenay–Lac-Saint-Jean asthma family cohort, a total of 10 CpG sites out of 5,233,004 CpG sites were associated with the FS status (P < 1 × 10–8). CpG sites were located in 10 genes (ARRDC1, B9D1, CFL1, CROCC, DHX36, DND1, PMS1, RASSF1, TOP2A, and USP21) all of which were associated with immune response and allergic diseases (allergy, asthma, atopic dermatitis, and allergic rhinitis) in the literature. Almost all individuals with FS clustered based on the methylation levels of these CpG sites which reinforces their importance and relevance to discriminate individuals with and without FS in our cohort. Among the top 10 most significant CpG sites, five were associated with 478 genetic variants in trans-mQTL (FDR < 1 × 10–8). To our knowledge, this is a unique association study between FS and DNA methylation using targeted bisulfite sequencing across the genome. This approach provides high-resolution assessment of genome-wide functional methylome that yields valuable understandings to this field of research. The results reveal potential relationships between FS, CpG sites, and genetic variants located in genes involved in allergic diseases. This provides potential insights on the underlying effects of DNA methylation and genetic variants on FS and possibly the pathogenesis of FA. Further epigenome-wide studies on larger samples combined with genome-wide genotyping are needed to validate the results and verify the biological potential of these CpG sites.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».