A chromosome-level <i>Mitragyna parvifolia</i> genome unveils spirooxindole alkaloid diversification and mitraphylline biosynthesis
Notice bibliographique
Résumé
Monoterpene indole alkaloids (MIAs) found in the Rubiaceae have varied pharmaceutical uses. Spirooxindole alkaloids are a structural subtype of MIAs with a unique spiro[pyrrolidine-3,3'-oxindole] ring system. Despite their intriguing structures and potent bioactivities, the evolution and diversification of spirooxindole alkaloids remain poorly understood. We report a high-quality chromosome-scale genome assembly of Mitragyna parvifolia, a tree species of the Rubiaceae family that predominantly produces the spirooxindole alkaloid mitraphylline. Comparative genomics, including comprehensive synteny and phylogeny analyses across the MIA-producing order Gentianales revealed a whole-genome duplication event underlying the divergence of the Cinchonoideae alliance from the Coffeeae alliance, leading to diversification of MIA biosynthesis. Transcriptome analyses of young and mature leaves, stems, stipules, and roots integrated with MIA profiling and genome analyses revealed several candidates in the MIA biosynthetic pathway. Functional characterization of selected candidates led to the elucidation of the biosynthesis of the antiproliferative spirooxindole mitraphylline in M. parvifolia. These genomic and transcriptomic resources are invaluable to identify the evolutionary origins and diversification of MIAs and spirooxindole alkaloids.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».