Genome‐wide association analysis of winter survival in a diverse Canadian winter wheat population
Notice bibliographique
Résumé
Vrn-A1 (VERNALIZATION A1) and Fr-A2 (FROST RESISTANCE A2) have been associated with variation in winter survival of wheat (Triticum aestivum L.). The beneficial alleles of Vrn-A1 and Fr-A2 are largely fixed in Canadian winter wheat germplasm, rendering the associated molecular markers ineffective for marker-assisted selection (MAS) in elite populations. The objectives were to (i) identify quantitative trait loci (QTLs) for winter survival in eastern Canada and determine their usefulness for MAS and (ii) explore the underlying genetic mechanisms of superior winter survival in the region. A subpopulation (n = 321) of the Canadian Winter Wheat Diversity Panel, consisting of genotypes that were fixed for the beneficial alleles of vrn-A1 and Fr-A2, was previously evaluated for winter survival in three eastern Canadian environments (Elora 2016-2017, CÉROM 2017-2018, and Elora 2017-2018). Genome-wide association mapping identified three significant QTLs for winter survival, a previously identified QTL on chromosome 5A, and two novel QTLs on chromosomes 5D and 7B. These QTLs were of low-to-moderate marker utility (0.1473-0.4796) and conferred a 0.7%-1.8% increase in mean winter survival. In silico analyses revealed that an array of biotic and abiotic stress responses are implicated in winter survival in eastern Canada, which challenges the notion that lethal temperature is the primary cause of winterkill in some regions. As significant winterkill events are sporadic in the region, it may be beneficial to identify individual components of winter survival that can be examined in artificial environments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».