Better together: Subgenomes for allotetraploid potato wild relative <i>Solanum acaule</i> Bitt. reveal origins in <i>Petota</i> Clade 3 and 4
Notice bibliographique
Résumé
Potato wild relatives (Solanum section Petota) are a source of genetic diversity for climate-smart improvement of modern cultivars (Solanum tuberosum). The allotetraploid Solanum acaule Bitter. has been previously used to introgress frost tolerance into potato cultivars such as Yukon Gold and Viking. The current study presents the subgenomes of S. acaule. In a phylogenetic context, the placement of the individual subgenomes shows that Solanum megistacrolobum (Clade 4) is the progenitor species of S. acaule subgenome 2, while the progenitor species of subgenome 1 (mapping to Clade 3) is still unknown and may be extinct. The genome assembly is 1.34 Gb in 24 chromosomes with an N50 of 56.2 Mb, making the theoretical tetraploid S. acaule genome 2.68 Gb. The C-repeat binding factor (CBF) cold response genes were identified in the subgenomes, and in a freeze-challenged transcriptome analysis of S. acaule compared with autotetraploid S. tuberosum 'Atlantic', CBF1 was induced in both species, while CBF4 (subgenome 2) was induced only in S. acaule. A general subgenome expression bias was not detected in a set of homoeologous genes, though the subgenomes diverged in the number of differentially expressed genes and their functional roles.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».