SpectraSage unveils specific proteolytic patterns of 20S on mono-ubiquitylated Tau proteoforms involved in neurodegeneration
Notice bibliographique
Résumé
, age-related macular degeneration, glaucoma). A common feature of neurodegeneration is the progressive accumulation of amyloidogenic proteins such as beta-amyloid and tau protein (MAPT gene). There is compelling evidence that the aggregation propensity of tau protein is regulated by post-synthetic modifications including phosphorylation and ubiquitylation. These alterations are gaining increasing pathological relevance not only for brain tauopathies but also for the retinal/optic nerve degenerative diseases. In this regard, site-specific mono-ubiquitylated (Ub) tau proteoforms, have been recently identified in neurodegenerative brains. In this work, the cleavage patterns of the uncapped 20S proteasome acting on mono-Ub regio-isomers of tauK18, which covers the 4RD domain, have been unveiled by using SpectraSage, a novel proteomics software conceived for the MS1 identification of complex branched peptide and here introduced for the first time. Ub position was found to affect regio-isomers susceptibility to proteolysis and unexpectedly long Ub-tauK18 branched peptides have been identified, proving distinct catalytic preferences. These findings show that the 20S digests mono-Ub proteins through specific enzymatic mechanisms and the implications of the latter on neurodegeneration are discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».