High partner specificity in an algal-salamander mutualism at continental scale
Notice bibliographique
Résumé
The mutualism between the green alga Oophila amblystomatis (“ Oophila ”) and egg masses of the spotted salamander Ambystoma maculatum involves acquisition of algal cells from water, followed by their population growth within individual egg capsules of the egg mass. The host range spans over 20 degrees latitude and longitude. High site fidelity and fine scale genetic structure of host populations has been resolved, but genetic diversity of green algal symbionts across this range has not been investigated. We sampled egg capsule fluid harvested from five locales in North America, each separated by ~2° latitude and used both PacBio and Illumina sequencing of the 18S rRNA gene to investigate (i) whether algal symbionts are restricted to the Oophila clade and (ii) examine geographic variation in Oophila diversity. We also re-analyzed 18S (V4) reads from previous work using contemporary denoising protocols, which, along with current data, produced 16.37 million reads. We detected no chlorophytes outside Oophila clade B and detected cercozoan protists and rhizophydialean fungi in some capsules. There was a mean of 10.14 ± 3.40 amplicon sequence variants (ASVs) per sample corresponding to O. amblystomatis , ranging in prevalence from single ponds within a locale to all samples. We observed among-locale variation in unique ASVs, but not in a latitudinal pattern. However, we detected two highly prevalent ASVs (ASVs A and B), which varied in abundance, relative to each other, as a function of latitude. Pairwise alignments of ASVs from the V4 region revealed that, on average, more divergent ASVs were rarer. Haplotype network analysis revealed ASV A as the ancestral variant and amplicon sequence analysis from newly isolated cultures of O. amblystomatis demonstrate that ASVs A and B are intragenomic variants that can segregate. We conclude that, at the scale of the host range, partner specificity in this algal-salamander mutualism is very high and reveal an intriguing effect of latitude on the relative abundance of intragenomic 18S rRNA gene variants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».