Escherichia coli proteins uL29 and ACP stabilize the Tn7-encoded TnsD and its DNA binding
Notice bibliographique
Résumé
Tn7 mobile genetic elements are known for their sophisticated target-site selection mechanisms and, in some cases, programmability. Recognition of target sites is mediated by designated transposon-encoded proteins and modulated by host factor proteins. In the case of the CRISPR-associated Tn7 elements from the type V-K, the ribosomal protein uS15 is an integral component of recruitment complex that promotes R-loop completion. Previous biochemical work also revealed that the ribosomal protein uL29 and the acyl carrier protein (ACP) influence Tn7 transposition frequency in vitro. However, how uL29 and ACP regulate the formation of the Tn7 targeting complex remains unclear. The prototypical Tn7 element encodes a heteromeric transposase (TnsA, TnsB), a AAA + adaptor (TnsC), and two target-site selection proteins (TnsD and TnsE). TnsD targets a highly conserved site at the end of the glmS gene (attTn7). However, poor protein stability has precluded the molecular characterization of how TnsD recognizes its target site. Here, we show that ACP and uL29 interact with the C-terminal region of TnsD through reciprocal electrostatic interactions, in turn, mitigating its tendency to aggregate. Additionally, we identify the uL29 and ACP residues that mediate the interaction with TnsD and stimulate DNA binding. These results unveil unique features of the TnsD-mediated target-site selection complex.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».