Stuffed Epimerase Domains of Pyochelin Biosynthesis are Defunct Methyltransferases
Notice bibliographique
Résumé
Bacteria and fungi use nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) to generate secondary metabolites called nonribosomal peptides (NRPs). A common feature of NRPs is the incorporation of D -stereocenter amino acids, which enhance chemical functionality and confer resistance to proteolytic degradation. Typically, these stereochemical inversions arise from dedicated epimerase domains, which are well-characterized. However, 2-hydroxyphenylthiazoline-containing natural products lack these conventional tailoring domains and are instead proposed to utilize noncanonical epimerase domains embedded, or “stuffed”, within the mobile loop of NRPS adenylation domains. The stereochemistry of the final natural product does not align with the absence or presence of the stuffed epimerase domain, so we examined the adenylation-epimerase didomains of 2-hydroxyphenylthiazoline siderophores from Pseudomonas aeruginosa (pyochelin, R stereochemistry at 4’) and Streptomyces venezuelae (watasemycin, S at 4’). For comparison, we also examined the biosynthesis of enantiopyochelin ( S at 4’) by the homologous enzyme from Pseudomonas protegens, which lacks the stuffed epimerase domain. Substrate and product analogs were synthesized to probe the epimerase chemistry. While the variants performed adenylation chemistry, epimerase activity was not enzymatically catalyzed. Indeed, racemization was spontaneous for the 2-hydroxyphenylthiazoline ethyl ester analogues and for intermediates isolated from the enzymes. These data suggest that noncanonical stuffed epimerase domains of 2-hydroxyphenylthiazoline natural products are catalytically defunct methyltransferases and possibly an evolutionary remnant.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».