The native soil microbiome is critical for early root-associated microbiota assembly and canola growth
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The native soil microbiome contributes to regulating the root-associated microbiota, root morphology, and plant growth. Using two canola (Brassica napus L.) genotypes contrasting in root size (small-rooted NAM23 and large-rooted NAM37), we investigated how the native soil microbiome influences canola establishment. Plants were grown in rhizoboxes containing gamma-irradiated (microbiome dysbiosis) or untreated (healthy microbiome) soils for 14 days. We evaluated plant growth and profiled bacterial and fungal communities in unplanted soil, rhizosphere soil, and root samples via DNA amplicon sequencing. RESULTS: Soil irradiation inhibited canola early growth, severely reducing shoot fresh mass (8 to 10-fold), root fresh mass and root length (3 to 13-fold). As expected, irradiation reduced microbial diversity and altered microbial community structure. The absence of significant soil physicochemical changes post-irradiation suggests that microbiome dysbiosis, rather than nutrient depletion, was the primary driver of plant growth suppression in irradiated soil. This growth suppression correlated with the depletion of potentially beneficial taxa (e.g., Sphingomonas, Alternaria prunicola, Fusarium, Gibberella avenacea, and Humicola nigrescens) and/or the enrichment of detrimental taxa (e.g., Mucilaginibacter, Leifsonia, and Trichoderma atrobrunneum) in both soil and roots. The large-rooted NAM37 outperformed the small-rooted NAM23 only in healthy microbiome-intact soils, but this growth advantage was not observed in unhealthy microbiome-disrupted irradiated soils. CONCLUSIONS: Our findings directly demonstrate the critical role of a healthy soil microbiome in supporting canola establishment. The absence of growth disparities between genotypes in irradiated soil indicates that plant fitness is not attributed to fixed root phenotypes but a dynamic interplay between intrinsic root traits and the microbiome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».