Genetic diversity and phylogeographic structure of Anopheles kochi, Anopheles maculatus, and Anopheles vagus: ITS2-based analysis of highland transboundary populations in the Menoreh Hills, Java, Indonesia
Notice bibliographique
Résumé
Baseline genetic characterization of malaria vector populations provides critical data for evidence-based surveillance in persistent transmission foci. This pilot study generated preliminary genetic baseline data for Anopheles populations in the Menoreh Hills border region between Central Java and Yogyakarta provinces, Indonesia, addressing a key geographic gap in regional vector research. Adult female mosquitoes were collected from 3 houses with reported malaria cases in Ngadirejo Village using standardized entomological methods, including human landing, animal landing, and resting collections. Specimens were morphologically identified and molecularly characterized via ITS2 gene sequencing. Phylogenetic analyses were assessed using maximum likelihood methods, and genetic diversity indices were calculated to examine population structure. A total of 62 specimens representing 3 species were collected exclusively through animal landing collections: Anopheles vagus (48 specimens, 77.4%), Anopheles maculatus (9 specimens, 14.5%), and Anopheles kochi (5 specimens, 8.1%). An. kochi exhibited high haplotype diversity (Hd=0.709) with low nucleotide diversity (π=0.004), while An. maculatus showed lower haplotype diversity (Hd=0.480) and higher nucleotide diversity (π=0.026). Phylogenetic analysis revealed Purworejo specimens clustered with regional populations: An. kochi grouped within Clade I with Indonesian isolates; An. maculatus distributed across multiple clades; An. vagus formed a cohesive unit with other Indonesian populations. The exclusive success of animal landing collections in the Menoreh Hills highlands provides key methodological insights. This study offers essential baseline reference data, validates cost-effective genetic surveillance approaches, and supports future large-scale population connectivity studies across the Menoreh Hills malaria transmission complex.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».