The origin, diagnosis, and prognosis of oligomannose-type diffuse large B-cell lymphoma
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT: The acquisition of N-glycosylation sites that are occupied by oligomannose-type glycans in the immunoglobulin complementarity-determining region (CDR) is an early, clonal, tumor-specific identifier of follicular lymphoma (FL). CDR-located N-glycosylation sites are also acquired in germinal center B-cell-like diffuse large B-cell lymphomas (GCB-DLBCLs), but their significance is less defined. We used RNA sequencing immunoglobulin assembly to determine frequency and CDR location of the acquired N-glycosylation sites (AGSs) in 2 independent DLBCL cohorts. Composition of the glycans occupying the AGSs was determined using liquid chromatography-mass spectrometry and correlated with cell of origin, FL signature (defined by EZB phenotype or BCL2 translocation), transcript profile, and clinical outcome. CDR-located AGSs were observed in 41% to 46% of GCB-DLBCLs but were rare in other DLBCLs. Only CDR-located AGSs of DLBCL with an FL signature were occupied by oligomannose-type glycans. These DLBCLs were termed Mann-type DLBCL. Conversely, the AGSs of the other DLBCLs were either nonglycosylated or occupied by complex-type glycans. Mann-type status was an independent marker of short progression-free survival and overall survival. In contrast, the other GCB-DLBCLs, including those with an FL signature but without AGSs, had the best outcomes. Mann-type DLBCLs overexpressed gene sets of cell growth, survival, and cycling, and underexpressed proinflammatory and apoptotic pathways, irrespective of the presence of concomitant MYC translocations. The acquisition of Mann-type glycans is a highly selective environmental pressure enabling the identification of an aggressive GCB-DLBCL type with origin related to FL. The detection of AGSs in the CDR of GCB-DLBCLs with an FL signature defines Mann-type DLBCLs, refines prognosis, and marks a precise tumor interaction to block early therapeutically.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».