Chd4 remodels chromatin to control retinal cell type specification and lineage termination
Notice bibliographique
Résumé
During development, neural progenitor cells modify their output over time to produce different types of neurons and glia in chronological sequences. Epigenetic processes have been shown to regulate neural progenitor potential, but the underlying mechanisms are not well understood. Here, we generated retina-specific conditional mouse knockouts (cKOs) in the key nucleosome remodeller Chd4. Chd4 cKOs overproduced early-born retinal ganglion and amacrine cells. Postnatally, later-born rod photoreceptors were drastically underproduced. Progenitors failed to differentiate into Müller glia on schedule and continued to proliferate beyond their normal developmental window. Next, to determine how Chd4 regulates the genome, we performed CUT&RUN-seq and ATAC-seq, revealing that genome accessibility was significantly increased at ∼10,000 regulatory elements. Accordingly, multiplexed single-cell transcriptomics demonstrated that deletion of Chd4 led to corresponding increases in transcription. These results suggest that Chd4 restricts the genome to repress progenitor identity and promote differentiation. Taken together, our data suggest that Chd4-dependent nucleosome remodelling plays a crucial role in the temporal transition that governs lineage termination, but does not regulate earlier temporal transitions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».