Discovery of additional ancient genome duplications in yeasts
Notice bibliographique
Résumé
Whole genome duplication (WGD) has had profound macroevolutionary impacts on diverse lineages, preceding adaptive radiations in vertebrates, teleost fish, and angiosperms. In contrast to the many known ancient WGDs in animals and especially plants, we are aware of evidence for only four in fungi. The oldest of these occurred ~100 million years ago (mya) and is shared by ~60 extant Saccharomycetales species, including the baker's yeast Saccharomyces cerevisiae . Notably, this is the only known ancient WGD in the yeast subphylum Saccharomycotina. The dearth of ancient WGD events in fungi remains a mystery. Some studies have suggested that fungal lineages that experience chromosome and genome duplication quickly go extinct, leaving no trace in the genomic record, while others contend that the lack of known WGD is due to an absence of data. Under the second hypothesis, additional sampling and deeper sequencing of fungal genomes should lead to the discovery of more WGD events. Coupling hundreds of recently published genomes from nearly every described Saccharomycotina species with three additional long-read assemblies, we discovered three novel WGD events. While the functions of retained duplicate genes originating from these events are broad, they bear many similarities to the well-known WGD that occurred in the Saccharomycetales. Our results suggest that WGD may be a more common evolutionary force in fungi than previously believed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».