Diversity of <i>tet</i>(L)-bearing plasmids found in Eastern Canadian <i>Staphylococcus hyicus</i> isolates from swine
Notice bibliographique
Résumé
Staphylococcus hyicus is the etiological agent of exudative epidermitis (EE) in suckling and weaned piglets, which is an endemic disease of concern for animal health and welfare on swine farms. Staphylococcus hyicus is not widely studied, and there is no recent scientific literature on Canadian strains. In a preliminary study, we presented an Eastern Canadian S. hyicus strain isolated from an EE case and bearing a plasmidic tet(L) gene conferring resistance to tetracyclines, one of the most commonly used antibiotics in Canadian swine farms. The current study characterized the tet(L)-bearing plasmids present in S. hyicus isolates from pigs in Eastern Canadian to better understand the potential vectors for this gene dissemination. Eleven S. hyicus isolates harboring tet(L) as the only tetracycline resistance gene were sequenced using Oxford Nanopore Technology and analyzed. Eight different tet(L)-bearing plasmids were identified that share similarities with Staphylococcus aureus sequences available in the National Center for Biotechnology Information. Only one of the plasmids was present in more than one isolate and two isolates carried tet(L) on their chromosome. This suggests a high diversity of tet(L)-bearing plasmids in S. hyicus and the possible need to analyze swine farm samples over time to understand the dynamics of tet(L) in S. hyicus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».