Phylogenomic timetree-calibrated speciation clocks for Caenorhabditis nematodes reveal slow but disproportionate accumulation of post-zygotic reproductive isolation
Notice bibliographique
Résumé
Reproductive isolation and genomic divergence both accumulate over time in the formation and persistence of distinct biological species. The pace of "speciation clocks" quantified with pre-zygotic and post-zygotic reproductive isolation, however, differs among taxa, with pre-zygotic isolation tending to evolve sooner in some but not all taxa. To address this issue in nematodes for the first time, here we infer the species tree and divergence times across the phylogeny of 51 species of Caenorhabditis. We incorporate several molecular evolutionary strategies in phylogenomic dating to account for complications in this group due to lack of fossil calibration, deep molecular divergence with synonymous-site saturation, and codon usage bias. By integrating divergence times with experimental data on pre- and post-zygotic reproductive isolation, we infer that post-zygotic isolation accumulates faster than pre-zygotic isolation in Caenorhabditis and that hybrid sterility evolves sooner than hybrid inviability. These findings are consistent with speciation being driven principally by intrinsic isolating barriers and the disproportionate fragility of germline developmental programs to disruption. We estimate that it takes approximately 50 million generations for intrinsic post-zygotic reproductive compatibility to be reduced by half, on average, between diverging pairs of Caenorhabditis. The protracted reproductive isolation clocks in Caenorhabditis may, in part, reflect the capacity to retain population genetic hyperdiversity, the incomplete sampling of global biodiversity, and as-yet uncharacterized incipient or cryptic species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».