Combined oropharyngeal nasal (ON) swabs for the molecular detection of respiratory pathogens including <i>M. pneumoniae</i> in symptomatic children
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT This study aimed to evaluate the diagnostic yield and acceptability of parent-/caregiver-collected oropharyngeal nasal (ON) swabs compared with healthcare worker (HCW)-collected nasopharyngeal (NP) swabs for detecting respiratory viruses and Mycoplasma pneumoniae in children. Symptomatic children (0–4 years) presenting to the BC Children’s Hospital Emergency Department provided HCW-collected NP and caregiver-collected ON swabs. Acceptability was assessed using a 5-point Likert scale. Samples were tested using the SARS-CoV-2/Influenza A + B/RSV GeneXpert assay, and a subset was tested on the BioFire respiratory panel (RP) 2.1 during the initial research phase. In a subsequent implementation phase during a high incidence of M. pneumoniae , paired ON and NP swabs were collected and tested on the RP 2.1 in a quality improvement initiative. All M. pneumoniae -positive samples underwent testing for cycle threshold values. We analyzed 139 pairs from the research phase and 219 from the implementation phase. Detection rates for SARS-CoV-2, influenza A/B, and RSV were similar across swab types. Of 273 pairs tested on BioFire, ON swabs demonstrated significantly higher detection of M. pneumoniae (sensitivity of 94%, confidence interval [CI] [86, 98] ON vs 64% [61–75] NP, P = 0.0020) and comparable detection for other pathogens. Caregivers rated ON swab collection as more acceptable than NP swabs (median 4.5 [4–5] vs 2 [IQR 1–3], P < 0.0001). ON swab performance was similar to NP swabs for the detection of respiratory viruses and showed improved diagnostic yield of M. pneumoniae . Given their higher acceptability ratings, ON swabs should be considered as a less-invasive diagnostic option for children. IMPORTANCE The current clinical standard for diagnosing respiratory infections in children typically requires a nasopharyngeal (NP) swab, which may be uncomfortable for the patient and must be collected by a healthcare worker. This study presents a less-invasive option, an oropharyngeal nasal (ON) swab collected by a parent or caregiver, that has comparable detection for common respiratory viruses and improved detection for Mycoplasma pneumoniae , a common but treatable cause of childhood pneumonia. Additionally, parents/caregivers rated ON swabs as significantly more acceptable than NP swabs on a scale of 1 to 5. Given the increased acceptability and superior detection of treatable M. pneumoniae , ON swabs are a patient-centered alternative to NP swabs and should be considered as a preferred diagnostic option for children.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».