Updated Sequence and Annotation of the Broad Host Range Rhizobial Symbiont Sinorhizobium fredii HH103 Genome
Notice bibliographique
Résumé
Background: Sinorhizobium fredii HH103 is a fast-growing rhizobial strain capable of infecting a broad range of legumes, including plants forming determinate and indeterminate nodules, such as Glycine max (its natural host) and Glycyrrhiza uralensis, respectively. Previous studies reported the sequence and annotation of the genome of this strain (7.25 Mb), showing the most complex S. fredii genome sequenced to date. It comprises seven replicons: one chromosome and six plasmids. Among these plasmids, pSfHH103d, also known as the symbiotic plasmid pSymA, harbors most of the genes involved in symbiosis. Due to limitations of the sequencing technology used at the time and the presence of high number of clusters of transposable elements, this plasmid could only be partially assembled as four separated contigs. Methods: In this work, we have used a combination of PacBio and Illumina sequencing technologies to resolve these complex regions, obtaining an updated genome sequence (7.27 Mb). Results: This updated version includes an increase in size of the largest replicons (chromosome, pSfHH103d, and pSfHH103e) and a complete and closed symbiotic plasmid (pSfHH103d or pSymA). Additionally, we carried out a re-annotation of the updated genome, merging the previous annotation and the new one found in the remaining gaps. Notably, we found a high number of transposable elements in the HH103 genome, especially in three plasmids (pSfHH103b, pSfHH103c, and pSymA), a feature that is common among S. fredii strains. Conclusions: The combination of PacBio and Illumina sequencing technologies has allowed us to obtain a complete version of the HH103 pSymA. The presence of a high number of mobile elements seems to be a general characteristic among S. fredii strains, a fact that might be related to a high genome plasticity.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».