Problems in Cancer Genome Medicine: Base Mutations Cause Intron Start Signals, Resulting in Unexpected Splicing
Notice bibliographique
Résumé
Background: The genetic characteristics of surgically removed cancerous tissues are examined using cancer gene panel testing in cancer genome medicine to detect the pathogenic variants involved in the proliferation and progression of cancer cells. An antitumor drug is prescribed if it directly acts on the detected pathogenic variant; however, some aspects require careful consideration by medical professionals in such cases. The genetic mutations involved in the progression or onset of malignant tumors differ with race. Furthermore, genetic mutations that are variants of unknown significance (VUS) may be involved in the progression or onset of malignant tumors in some races according to the ClinVar results from the National Center for Biotechnology Information. Single nucleotide variations can result in silent mutations or splice sites. Methods: We therefore reexamined the CGP results (VUS) of patients suspected of developing hereditary tumors based on their family background using IGV and RT-PCR. Results: KRAS Q61K, which is found in many gastrointestinal cancers, was identified as a VUS by ClinVar, but this gene mutation was found to cause splicing. The cancer gene panel test of a 41-year-old male patient with paraganglioma identified succinate dehydrogenase complex, iron-sulfur subunit B (SDHB) G642T as a VUS. However, this mutation was later discovered to cause the splicing site to shift, preventing SDHB from translating from the correct mRNA. In addition, a cancer gene panel test of a 47-year-old patient with right breast cancer determined that breast cancer susceptibility gene 2 (BRCA2) 631 3A>T was a VUS. However, this mutation may create a splicing site, which means that the correct BRCA2 mRNA for BRCA2 is not produced. Conclusions: The diagnosis of gene mutations based on the results of cancer gene panel testing may not always be correct, and a detailed examination of gene mutations is necessary. Our medical staff has performed cancer gene panel testing on approximately 5,500 cases of intractable malignant tumors to date and are investigating new treatments for these tumors. In this article, we discuss our experience with cancer gene panel testing as well as the problems encountered and new findings.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».