Invasive Lobular Carcinoma Has Higher Immune Response Than Invasive Ductal Carcinoma in Estrogen Receptor-Positive/Human Epidermal Growth Factor Receptor 2-Negative Breast Cancers
Notice bibliographique
Résumé
Background: Invasive lobular carcinoma (ILC) and invasive ductal carcinoma (IDC) are two major pathological diagnoses of breast cancer, but few studies have described their differences within luminal (estrogen receptor (ER)-positive/human epidermal growth factor receptor 2 (HER2)-negative) subtypes at the molecular level. Methods: Using The Cancer Genome Atlas (TCGA) (n = 584) and the Molecular Taxonomy of Breast Cancer International Consortium (METABRIC) (n = 1,355) cohorts, we analyzed luminal ILC and IDC, excluding mixed type, in patients with stage I-III breast cancer. Results: ILC was associated with Nottingham histological grade 2, larger tumor size and more stage III disease than IDC (all P < 0.01) but no difference in lymph node nor distant metastasis in both cohorts. There was no survival difference between ILC and IDC. ILC had less aggressive genomic features compared to IDC, and the cell proliferation score and Ki67 gene expression were significantly lower in ILC in TCGA (P < 0.001); however, these findings were not validated in METABRIC. Hallmark cell proliferation-related gene sets (E2F targets, G2M checkpoint, MYC targets V1, and MTORC1 signaling) were significantly less enriched in ILC in both cohorts (all normalized enrichment score (NES) > 1.4, false discovery rate (FDR) < 0.12). While ILC appeared to have a lower trend of pathological complete response (pCR) in the GSE20194 and GSE1140494 cohorts, ILC was infiltrated with significantly more CD4+ cells and dendritic cells and significantly less T helper type I (Th1) cells, regulatory T cells and M1 and M2 macrophages in both cohorts (all P < 0.05). Stromal cells, adipocytes and lymphatic endothelial cells were highly infiltrated in ILC, and cytolytic activity that represented the global anti-tumor immunity was significantly elevated in ILC in TCGA and subsequently validated in METABRIC. Conclusions: ILC has higher immune response and immune cell infiltration than IDC in the luminal subtype.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».