Propagation of Photoinduced Electric Field Changes Through Phytochrome and their Impact on Conformational Transitions
Notice bibliographique
Résumé
In phytochromes, photoisomerization of the chromophore and subsequent structural relaxations lead to the functionally essential secondary structure transition of the tongue, a phytochrome-specific protein segment. The coupling mechanism between chromophore and protein structural changes is yet not understood, but electric field changes are discussed to play an important role. In this work, electric field changes in the chromophore binding pocket (CBP) are confirmed to propagate over long distances through the protein and alter the electric field in the tongue region. An experimental-theoretical approach to analyze local electric fields using Stark reporters has been further developed. These are nitrile groups introduced site-specifically into the protein via noncanonical amino acids. The functional integrity of the variants is checked by crystallography and various spectroscopies. For the first time, functionally intact variants with substitutions in the tongue are generated. Based on frequency shifts and relative intensities of the nitrile stretching modes, hydrogen-bonding and noncovalent electric field contributions are separated. The field changes originating in the CBP are transduced to the tongue along a pathway via Phe192. Given a proper direction of the net electric field vector in the tongue region, the magnitude of the field may be sufficient to destabilize the tongue structure.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».