Abstract PR-09: Meta-Analysis of Neoantigens: Insights from the Cancer Epitope Database and Analysis Resource (CEDAR)
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Notice bibliographique
Résumé
Abstract Cancer cells accumulate somatic mutations that can give rise to novel amino acid sequences absent from the normal human proteome. These mutation-derived, cancer-specific peptides are referred to as “neo-peptides.” A subset of neo-peptides capable of eliciting an immune response are termed “neo-epitopes.” Neo-epitopes hold significant promise for precision cancer immunotherapy, both as therapeutic targets and as biomarkers for prognosis and treatment response. Given their central role in immuno-oncology, we performed a meta-analysis to systematically assess how experimental evidence shapes current understanding of neo-epitope biology. Our study is the largest reported to date. Using the Cancer Epitope Database and Analysis Resource (CEDAR), we analyzed over 16,000 neo-peptides tested in more than 20,000 T cell assays across 180 studies. We analyzed frequently utilized assay types, the genes neo- epitopes are derived from, and their driver gene status, variations across cancer types, mutation patterns and their physicochemical properties, HLA restrictions, and predicted MHC binding. We found that validated neo-epitope frequencies varied across cancer types, with the highest rates in skin and lung and the lowest in colorectal cancer. Neo-epitopes were enriched in driver genes such as TP53 and KRAS. However, testing frequency correlated with mutation prevalence, revealing a bias toward recurrent mutations. Despite the high sequence similarity among RAS family members, validated neo-epitope overlap was minimal, challenging pan-RAS strategies. Shared neo-epitopes across cancer types are rare, with only 16 validated in more than one cancer type. While most assays involved HLA class I, class II alleles presented a higher proportion of validated neo-epitopes. Specific alleles, including HLA-B*40:01 and HLA- DRB1*11:01, were enriched for presenting neo-epitopes, whereas others, like HLA-A*02:01, were enriched for presenting neo-peptides that are not recognized by T cells. Finally, amino acid substitutions that altered hydrophobicity or charge were more common in neo-epitopes. Citation Format: Zeynep Kosaloglu-Yalcin, Ibel Carri, Bjoern Peters, Alessandro Sette. Meta-Analysis of Neoantigens: Insights from the Cancer Epitope Database and Analysis Resource (CEDAR) [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference in Cancer Research: Mechanisms of Cancer Immunity and Cancer-related Autoimmunity; 2025 Sep 24-27; Montreal, QC, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Immunol Res 2025;13(9 Suppl):Abstract nr PR-09.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle