A screen for synthetic genetic interactions with the <i>Saccharomyces cerevisiae hrq1ΔN</i> allele
Notice bibliographique
Résumé
The Saccharomyces cerevisiae Hrq1 helicase is a functional homolog of the disease-linked human RECQL4 enzyme and has been used as a model to study RecQ4 helicase subfamily biology. Although the motor cores of Hrq1 and RECQL4 are quite similar, these proteins display distinct N-terminal domains of unknown function. Do these domains facilitate species-specific activities by the two helicases, or do they serve common roles despite their differences in sequence and predicted structure? We probed these questions here by analyzing an N-terminal domains-truncated isoform of Hrq1 (Hrq1ΔN) both in vitro and in vivo. We found that the Hrq1 N-terminal domains houses a cryptic DNA binding site that is likely important for DNA repair because the hrq1ΔN allele phenocopies the DNA inter-strand crosslink sensitivity of hrq1Δ . Using synthetic genetic array analysis of hrq1ΔN crossed to the yeast S. cerevisiae single-gene deletion and temperature-sensitive allele collections, we also identified hundreds of synthetic genetic interactions, many of which are shared with previously characterized hrq1 mutants. As with similar analyses of hrq1Δ and hrq1-K318A, our results suggest roles for Hrq1 and its N-terminal domains in multiple physiological pathways that underpin genome integrity. Together, these data are guiding our ongoing efforts to understand the roles of Hrq1 and RECQL4 in genome maintenance, which will help to explain why RECQL4 mutations cause disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».