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Enregistrement W4414529841 · doi:10.1101/2025.09.25.678439

<i>De novo EHMT2</i> variants cause an autosomal dominant <i>EHMT2</i> -related Kleefstra syndrome via loss of G9a methyltransferase activity

2025· preprint· en· W4414529841 sur OpenAlexafffund
Aleš Hnı́zda, Beatriz Martínez–Delgado, Diana Sánchez-Ponce, Javier Alonso, Jeanne Amiel, Tania Attié‐Bitach, Ariadna Bada-Navarro, Beatriz Baladrón, Eva Bermejo, Vítězslav Brinsa, Ivana Buková, Rosario Cazorla-Calleja, Sylvie Cervenkova, Petr Dušek, Bekim Sadiković, Jakub Sikora, Stanislav Kmoch, María J. Barrero, Lenka Nosková

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation
Établissements canadiensWestern UniversityLondon Health Sciences Centre
Organismes subventionnairesGenome CanadaMinisterstvo Zdravotnictví Ceské RepublikyUniverzita Karlova v Praze
Mots-clésHaploinsufficiencyEpigeneticsHistone methyltransferaseHistoneGeneAcetylationHistone H3Human genetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract EHMT1 and EHMT2 genes encode human euchromatin histone lysine methyltransferase 1 and 2 (EHMT1 alias GLP; EHMT2 alias G9a) that form heteromeric GLP/G9a complexes with essential roles in epigenetic regulation of gene expression. While EHMT1 haploinsufficiency has been established as the cause of Kleefstra syndrome 1, the pathogenesis of G9a dysfunction in human disease remains largely unknown. We identified seven de novo EHMT2 variants in patients with clinical presentation, episignatures, histone modifications and transcriptomic profiles similar to those of Kleefstra syndrome 1. In vitro studies revealed that these variants encode for structurally stable G9a proteins that are catalytically incompetent due to aberrant interactions either with histone H3 tail or with S-adenosylmethionine. Heterozygous mice carrying a patient-derived variant exhibited growth retardation, facial/skull dysmorphia and aberrant behavior. Here we report pathogenic EHMT2 variants that likely exert dominant-negative effect on GLP/G9a complexes and thus genocopy the EHMT1 haploinsufficiency via a distinct molecular mechanism, defining an autosomal dominant EHMT2 -related Kleefstra syndrome.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,238
Écart entre enseignants0,229 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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