Revisiting the evolution of the yeast Atg1 complex
Notice bibliographique
Résumé
The budding yeast Saccharomyces cerevisiae Atg1 complex coordinates the initiation of nonselective autophagy and consists of the Atg1 kinase, Atg13 regulatory subunit, and an S-shaped scaffold formed by Atg17, Atg29, and Atg31. In contrast, the fission yeast Schizosaccharomyces pombe Atg1 complex incorporates Atg101 instead of Atg29 and Atg31 and features a rod-shaped Atg17 scaffold. The timing of this divergence and its impact on the structural evolution of Atg17 remain unclear. Our systematic composition analysis revealed that Atg101 is found in the Atg1 complex of several budding yeast species, including two that contain both Atg29/Atg31 and Atg101. Structural modeling and negative stain EM analysis indicated that budding yeast species with Atg101 exhibit a rod-shaped Atg17. Additionally, we found that the Atg13 HORMA domain of S. pombe may possess a stabilizing cap, suggesting an alternative function for Atg101. Collectively, our findings delineate the potential evolutionary trajectories of the Atg1 complex in yeast.Abbreviations: ATG, autophagy-related; BLAST, basic local alignment search tool; C-Mad2, closed Mad2; EAT, Early Autophagy Targeting/Tethering; EM, electron microscopy; His-MBP, histidine-maltose binding protein; HORMA, Hop1, Rev7, and Mad2; IDR, intrinsically disordered region; O-Mad2, open Mad2; iTOL, Interactive Tree of Life; PAS, phagophore assembly site; PI3K, phosphatidylinositol 3-kinase; PMSF, phenylmethylsulfonyl fluoride; pTM, predicted template modeling; RMSD, root mean square deviation; TOR, target of rapamycin; TORC1, TOR complex 1.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».