Translating and Formalizing the MIRAGE Guidelines to a Prototype MIRAGE Ontology and DCAT3 Extension Vocabulary for Glycomics Data Management
Notice bibliographique
Résumé
The Minimum Information Required for A Glycomics Experiment (MIRAGE) guidelines haveestablished comprehensive reporting standards for glycomics research, yet their implementationin semantic web technologies remains limited. We present the first comprehensive semanticformalization of MIRAGE guidelines through an integrated RDF ontology framework comprising the MIRAGE Ontology and MIRAGE-DCAT3 vocabulary. The MIRAGE Ontologymodels glycan structures, biological specimens, analytical instruments, and experimental processes with formal OWL semantics and SHACL validation constraints. The complementaryMIRAGE-DCAT3 vocabulary extends W3C DCAT3 with glycomics-specific metadata propertiesfor dataset cataloging and discovery. Our implementation addresses critical challenges inglycomics data interoperability through comprehensive mappings to established ontologiesincluding GlycoRDF, PSI-MS, and DCTERMS. This semantic framework enables automatedquality assessment, federated data querying, and enhanced reproducibility in glycomics research, supporting broader adoption of FAIR principles in the glycobiology community. Theframework demonstrates comprehensive coverage of MIRAGE reporting requirements acrossmultiple analytical platforms including mass spectrometry, liquid chromatography, capillaryelectrophoresis, NMR spectroscopy, and lectin microarray analysis
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,010 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,006 | 0,007 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».